Di tích còn lại của chùa Sùng Chính Báo Thiên (Chùa Báo Thiên) là ngôi giếng đá cổ.

https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Gi%E1%BA%BFng_%C4%91%C3%A1_ch%C3%B9a_B%C3%A1o_Thi%C3%AAn.jpg

Giếng đá này nằm trong ngõ của một nhà dân ở phố Nhà Chung, thuộc phần đất nhà thờ cho giáo dân cư trú. Năm 2002 giếng đá đã bị người dân cho đổ đất, cát lấp đầy. Việc này được phát hiện và báo chí đưa tin. Báo Thanh Niên (số 288, ra ngày 14-10-2004) cho đăng bài: "Cần bảo vệ một giếng đá cổ ", và báo nguyệt san Giác Ngộ, (số 104, tháng 11-2004) cho đăng bài: "Giếng cổ chùa Báo Thiên"... Sau khi báo đưa tin các vị thẩm quyền của nhà thờ chính toà Hà Nội đã cho khai quật giếng cổ ấy lên, di chuyển vào đặt trước hang đá bên trong khuôn viên nhà thờ.